HDFS读取文件的重要概念(转)

HDFS一个文件由多个block构成。HDFS在进行block读写的时候是以packet(默认每个packet为64K)为单位进行的。每一个packet由若干个chunk(默认512Byte)组成。Chunk是进行数据校验的基本单位,对每一个chunk生成一个校验和(默认4Byte)并将校验和进行存储。在读取一个block的时候,数据传输的基本单位是packet,每个packet由若干个chunk组成。

HDFS客户端读文件示例代码

FileSystem hdfs = FileSystem.get(new Configuration());
Path path = new Path("/testfile");// reading
FSDataInputStream dis = hdfs.open(path);
byte[] writeBuf = newbyte[1024];
int len = dis.read(writeBuf);
System.out.println(new String(writeBuf, 0, len, "UTF-8"));
dis.close();
hdfs.close();

文件的打开

HDFS打开一个文件,需要在客户端调用DistributedFileSystem.open(Path f, int bufferSize),其实现为:

public FSDataInputStream open(Path f, int bufferSize) throws IOException {
return new DFSClient.DFSDataInputStream( dfs.open(getPathName(f), bufferSize, verifyChecksum, statistics)); }

其中dfs为DistributedFileSystem的成员变量DFSClient,其open函数被调用,其中创建一个DFSInputStream(src, buffersize, verifyChecksum)并返回。

DFSClient.DFSDataInputStream实现了HDFS的FSDataInputStream,里面简单包装了DFSInputStream,实际实现是DFSInputStream完成的。

在DFSInputStream的构造函数中,openInfo函数被调用,其主要从namenode中得到要打开的文件所对应的blocks的信息,实现如下:

synchronized void openInfo() throws IOException {
    LocatedBlocks newInfo = callGetBlockLocations(namenode, src, 0, prefetchSize);
    this.locatedBlocks = newInfo;
this.currentNode = null; } private static LocatedBlocks callGetBlockLocations(ClientProtocol namenode,String src, long start, long length) throws IOException {
return namenode.getBlockLocations(src, start, length); }

LocatedBlocks主要包含一个链表的List blocks,其中每个LocatedBlock包含如下信息:

* Block b:此block的信息

* long offset:此block在文件中的偏移量

* DatanodeInfo[] locs:此block位于哪些DataNode上

上面namenode.getBlockLocations是一个RPC调用,最终调用NameNode类的getBlockLocations函数。NameNode返回的是根据客户端请求的文件名字,文件偏移量,数据长度,返回文件对应的数据块列表,数据块所在的DataNode节点。

文件的顺序读取

hdfs文件的顺序读取是最经常使用的.文件顺序读取的时候,客户端利用文件打开的时候得到的FSDataInputStream.read(byte[] buffer, int offset, int length)函数进行文件读操作。

FSDataInputStream会调用其封装的DFSInputStream的read(byte[] buffer, int offset, int length)函数,实现如下:

public synchronized int read(byte buf[], int off, int len) throws IOException {  
...
if (pos < getFileLength()) {
int retries = 2;
while (retries > 0) {
try {
if (pos > blockEnd) {//首次pos=0,blockEnd=-1,必定调用方法blockSeekTo,初始化blockEnd,以后是读完了当前块,需要读下一个块,才会调用blockSeekTo currentNode = blockSeekTo(pos);//根据pos选择块和数据节点,选择算法是遍历块所在的所有数据节点,选择第一个非死亡节点 } int realLen = Math.min(len, (int) (blockEnd - pos + 1)); int result = readBuffer(buf, off, realLen); if (result >= 0) { pos += result;
} else {
throw new IOException("Unexpected EOS from the reader");
}
...
return result;
} catch (ChecksumException ce) {
throw ce;
} catch (IOException e) {
...
if (currentNode != null) { addToDeadNodes(currentNode); }//遇到无法读的DataNode,添加到死亡节点
if (--retries == 0) {//尝试读三次都失败,就抛出异常
throw e;
}
}
}
}
return -1; }

blockSeekTo函数会更新blockEnd,并创建对应的BlockReader,这里的BlockReader的初始化和上面的fetchBlockByteRange差不多,如果客户端和块所属的DataNode是同个节点,则初始化一个通过本地读取的BlockReader,否则创建一个通过Socket连接DataNode的BlockReader。

BlockReader的创建也是通过BlockReader.newBlockReader创建的,具体分析请看后面。 readBuffer方法比较简单,直接调用BlockReader的read方法直接读取数据。 BlockReader的read方法就根据请求的块起始偏移量,长度,通过socket连接DataNode,获取块内容,BlockReader的read方法不会做缓存优化。

文件的随机读取

对于MapReduce,在提交作业时,已经确定了每个map和reduce要读取的文件,文件的偏移量,读取的长度,所以MapReduce使用的大部分是文件的随机读取。

文件随机读取的时候,客户端利用文件打开的时候得到的FSDataInputStream.read(long position, byte[] buffer, int offset, int length)函数进行文件读操作。

FSDataInputStream会调用其封装的DFSInputStream的read(long position, byte[] buffer, int offset, int length)函数,实现如下:

public int read(long position, byte[] buffer, int offset, int length)throws IOException {
    long filelen = getFileLength();
    int realLen = length;
if ((position + length) > filelen) {
realLen = (int)(filelen - position);
}
//首先得到包含从offset到offset + length内容的block列表
//比如对于64M一个block的文件系统来说,欲读取从100M开始,长度为128M的数据,则block列表包括第2,3,4块block
List<LocatedBlock> blockRange = getBlockRange(position, realLen);
int remaining = realLen;
//对每一个block,从中读取内容
//对于上面的例子,对于第2块block,读取从36M开始,读取长度28M,对于第3块,读取整一块64M,对于第4块,读取从0开始,长度为36M,共128M数据
for (LocatedBlock blk : blockRange) {
long targetStart = position - blk.getStartOffset();
long bytesToRead = Math.min(remaining, blk.getBlockSize() - targetStart); fetchBlockByteRange(blk, targetStart, targetStart + bytesToRead - 1, buffer, offset);
remaining -= bytesToRead;
position += bytesToRead;
offset += bytesToRead;
}
... return realLen; }

getBlockRange方法根据文件的偏移量和长度,获取对应的数据块信息。主要是根据NameNode类的getBlockLocations方法实现,并做了缓存和二分查找等优化。

fetchBlockByteRange方法真正从数据块读取内容,实现如下:

private void fetchBlockByteRange(LocatedBlock block, long start,long end, byte[] buf, int offset) throws IOException {
    Socket dn = null;
int numAttempts = block.getLocations().length;
//此while循环为读取失败后的重试次数
while (dn == null && numAttempts-- > 0 ) {
//选择一个DataNode来读取数据
DNAddrPair retval = chooseDataNode(block);
DatanodeInfo chosenNode =retval.info;
InetSocketAddress targetAddr = retval.addr;
BlockReader reader = null;
int len = (int) (end - start + 1);
try {
if (shouldTryShortCircuitRead(targetAddr)) {
//如果要读取的块所属的DataNode与客户端是同一个节点,直接通过本地磁盘访问,减少网络流量
reader = getLocalBlockReader(conf, src, block.getBlock(),accessToken, chosenNode, DFSClient.this.socketTimeout, start);
} else {
//创建Socket连接到DataNode
dn = socketFactory.createSocket();
dn.connect(targetAddr, socketTimeout);
dn.setSoTimeout(socketTimeout);
//利用建立的Socket链接,生成一个reader负责从DataNode读取数据 reader = BlockReader.newBlockReader(dn, src, block.getBlock().getBlockId(), accessToken,block.getBlock().getGenerationStamp(), start, len, buffersize, verifyChecksum, clientName);
}
//读取数据
int nread = reader.readAll(buf, offset, len);
return;
} finally {
IOUtils.closeStream(reader);
IOUtils.closeSocket(dn);
dn = null;
}
//如果读取失败,则将此DataNode标记为失败节点
addToDeadNodes(chosenNode);
} }

读取块内容,会尝试该数据块所在的所有DataNode,如果失败,就把对应的DataNode加入到失败节点,下次选择节点就会忽略失败节点(只在独立的客户端缓存失败节点,不上报到namenode)。

BlockReader的创建也是通过BlockReader.newBlockReader创建的,具体分析请看后面。 最后,通过BlockReader的readAll方法读取块的完整内容。

dfsclient和datanode的通信协议

dfsclient的连接

dfsclient首次连接datanode时,通信协议实现主要是BlockReader.newBlockReader方法的实现,如下:

public static BlockReader newBlockReader( Socket sock, String file,long blockId,long genStamp,long startOffset, long len,int bufferSize, boolean verifyChecksum,String clientName) throws IOException {
//使用Socket建立写入流,向DataNode发送读指令
DataOutputStream out = new DataOutputStream(new BufferedOutputStream(NetUtils.getOutputStream(sock,HdfsConstants.WRITE_TIMEOUT)));
out.writeShort( DataTransferProtocol.DATA_TRANSFER_VERSION );
out.write( DataTransferProtocol.OP_READ_BLOCK );
out.writeLong( blockId ); out.writeLong( genStamp );
out.writeLong( startOffset );
out.writeLong( len );
Text.writeString(out, clientName);
out.flush();
//使用Socket建立读入流,用于从DataNode读取数据
DataInputStream in = new DataInputStream(new BufferedInputStream(NetUtils.getInputStream(sock),bufferSize));
short status = in.readShort(); //块读取的状态标记,一般是成功
DataChecksum checksum = DataChecksum.newDataChecksum( in );
long firstChunkOffset = in.readLong();
//生成一个reader,主要包含读入流,用于读取数据
return new BlockReader( file, blockId, in, checksum, verifyChecksum,startOffset, firstChunkOffset, sock ); }

这里的startOffset是相对于块的起始偏移量,len是要读取的长度。 DataChecksum.newDataChecksum(in),会从DataNode获取该块的checksum加密方式,加密长度。 BlockReader的readAll函数就是用上面生成的DataInputStream读取数据。 下面是是读数据块时,客户端发送的信息:
version  operator  blockid  generationStamp  startOffset  length  clientName  accessToken

operator:byte Client所需要的操作,读取一个block、写入一个block等等

version:short Client所需要的数据与Datanode所提供数据的版本是否一致

blockId:long 所要读取block的blockId

generationStamp:long 所需要读取block的generationStamp

startOffset:long 读取block的的起始位置

length:long 读取block的长度

clientName:String Client的名字

accessToken:Token Client提供的验证信息,用户名密码等

DataNode对dfsclient的响应

DataNode负责与客户端代码的通信协议交互的逻辑,主要是DataXceiver的readBlock方法实现的:

private void readBlock(DataInputStream in) throws IOException {
//读取指令
long blockId = in.readLong(); Block block = new Block( blockId, 0 , in.readLong());
long startOffset = in.readLong();
long length = in.readLong();
String clientName = Text.readString(in);
//创建一个写入流,用于向客户端写数据
OutputStream baseStream = NetUtils.getOutputStream(s,datanode.socketWriteTimeout);
DataOutputStream out = new DataOutputStream(new BufferedOutputStream(baseStream, SMALL_BUFFER_SIZE));
//生成BlockSender用于读取本地的block的数据,并发送给客户端
//BlockSender有一个成员变量InputStream blockIn用于读取本地block的数据 BlockSender blockSender = new BlockSender(block, startOffset, length,true, true, false, datanode, clientTraceFmt);
out.writeShort(DataTransferProtocol.OP_STATUS_SUCCESS); // 发送操作成功的状态
//向客户端写入数据
long read = blockSender.sendBlock(out, baseStream, null);
……
} finally {
IOUtils.closeStream(out);
IOUtils.closeStream(blockSender);
}

DataXceiver的sendBlock用于发送数据,数据发送包括应答头和后续的数据包。应答头如下(包含DataXceiver中发送的成功标识。DataXceiver的sendBlock的实现如下:

long sendBlock(DataOutputStream out, OutputStream baseStream,                  BlockTransferThrottler throttler) throws IOException {  
...
try {
try {
checksum.writeHeader(out);//写入checksum的加密类型和加密长度
if ( chunkOffsetOK ) {
out.writeLong( offset );
}
out.flush();
} catch (IOException e) { //socket error
throw ioeToSocketException(e);
}
...
ByteBuffer pktBuf = ByteBuffer.allocate(pktSize);
while (endOffset > offset) {//循环写入数据包
long len = sendChunks(pktBuf, maxChunksPerPacket,streamForSendChunks); offset += len;
totalRead += len + ((len + bytesPerChecksum - 1)/bytesPerChecksum*checksumSize); seqno++;
}
try {
out.writeInt(0); //标记结束
out.flush();
} catch (IOException e) { //socket error
throw ioeToSocketException(e);
}
}
...
return totalRead; }

DataXceiver的sendChunks尽可能在一个packet发送多个chunk,chunk的个数由maxChunks和剩余的块内容决定,实现如下:

//默认是crc校验,bytesPerChecksum默认是512,checksumSize默认是4,表示数据块每512个字节,做一次checksum校验,checksum的结果是4个字节
private int sendChunks(ByteBuffer pkt, int maxChunks, OutputStream out) throws IOException {  
int len = Math.min((int) (endOffset - offset),bytesPerChecksum maxChunks);//len是要发送的数据长度
if (len == 0) {
return 0;
}
int numChunks = (len + bytesPerChecksum - 1)/bytesPerChecksum;//这次要发送的chunk数量
int packetLen = len + numChunks
checksumSize + 4;//packetLen是整个包的长度,包括包头,校验码,数据
pkt.clear();
// write packet header
pkt.putInt(packetLen);//整个packet的长度
pkt.putLong(offset);//块的偏移量
pkt.putLong(seqno);//序列号
pkt.put((byte)((offset + len >= endOffset) ? 1 : 0));//是否最后一个packet
pkt.putInt(len);//发送的数据长度
int checksumOff = pkt.position();
int checksumLen = numChunks * checksumSize;
byte[] buf = pkt.array();
if (checksumSize > 0 && checksumIn != null) {
try {
checksumIn.readFully(buf, checksumOff, checksumLen);//填充chucksum的内容 } catch (IOException e) {
...
}
}
int dataOff = checksumOff + checksumLen;
if (blockInPosition < 0) {
IOUtils.readFully(blockIn, buf, dataOff, len);//填充块数据的内容
if (verifyChecksum) {//默认是false,不验证
//校验处理
}
}
try {
//通过socket发送数据到客户端
} catch (IOException e) {
throw ioeToSocketException(e);
}
...
return len; }

数据组织成数据包来发送,数据包结构如下: packetLen  offset  sequenceNum  isLastPacket  startOffset  dataLen  checksum  data

packetLen:int packet的长度,包括数据、数据的校验等等

offset:long packet在block中的偏移量

sequenceNum:long 该packet在这次block读取时的序号

isLastPacket:byte packet是否是最后一个

dataLen:int 该packet所包含block数据的长度,纯数据不包括校验和其他

checksum:该packet每一个chunk的校验和,有多少个chunk就有多少个校验和

data:该packet所包含的block数据

数据传输结束的标志,是一个packetLen长度为0的包。客户端可以返回一个两字节的应答OP_STATUS_CHECKSUM_OK(5)。

dfsclient读取块内容

hdfs文件的随机和顺序分析逻辑,都分析到BlockReader的readAll方法和read方法,这两个方法完成对数据块的内容读取。而readAll方法最后也是调用read方法,所以这里重点分析BlockReader的read方法,实现如下:

public synchronized int read(byte[] buf, int off, int len) throws IOException {
    //第一次read, 忽略前面的额外数据    
if (lastChunkLen < 0 && startOffset > firstChunkOffset && len > 0) {
int toSkip = (int)(startOffset - firstChunkOffset);
if ( skipBuf == null ) {
skipBuf = newbyte[bytesPerChecksum];
}
if ( super.read(skipBuf, 0, toSkip) != toSkip ) { //忽略 // should never happen
throw new IOException("Could not skip required number of bytes");
}
}
boolean eosBefore = gotEOS;
int nRead = super.read(buf, off, len);
// if gotEOS was set in the previous read and checksum is enabled :
if (dnSock != null && gotEOS && !eosBefore && nRead >= 0&& needChecksum()) { //checksum is verified and there are no errors.
checksumOk(dnSock);
}
return nRead; }

super.read即是FSInputChecker的read方法,实现如下:

public synchronized int read(byte[] b, int off, int len) throws IOException { 
//参数检查
int n = 0;
for (;;) {
int nread = read1(b, off + n, len - n);
if (nread <= 0)
return (n == 0) ? nread : n;
n += nread;
if (n >= len)
return n;
} } //read1的len被忽略,只返回一个chunk的数据长度(最后一个chunk可能不足一个完整chunk的长度) private int read1(byte b[], int off, int len) throws IOException {
int avail = count-pos;
if( avail <= 0 ) {
if(len>=buf.length) {
//直接读取一个数据chunk到用户buffer,避免多余一次复制 //很巧妙,buf初始化的大小是chunk的大小,默认是512,这里的代码会在块的剩余内容大于一个chunk的大小时调用 int nread = readChecksumChunk(b, off, len);
return nread;
} else {
//读取一个数据chunk到本地buffer,也是调用readChecksumChunk方法 //很巧妙,buf初始化大小是chunk的大小,默认是512,这里的代码会在块的剩余内容不足一个chunk的大小时进入调用 fill();
if( count <= 0 ) {
return -1;
} else {
avail = count;
}
}
}
//从本地buffer拷贝数据到用户buffer,避免最后一个chunk导致数组越界
int cnt = (avail < len) ? avail : len;
System.arraycopy(buf, pos, b, off, cnt);
pos += cnt;
return cnt;
}

FSInputChecker的readChecksumChunk会读取一个数据块的chunk,并做校验,实现如下:

//只返回一个chunk的数据长度(默认512,最后一个chunk可能不足一个完整chunk的长度)private int readChecksumChunk(byte b[], int off, int len)  throws IOException {  
// invalidate buffer
count = pos = 0;
int read = 0;
boolean retry = true;
int retriesLeft = numOfRetries; //本案例中,numOfRetries是1,也就是说不会多次尝试
do {
retriesLeft--;
try {
read = readChunk(chunkPos, b, off, len, checksum);
if( read > 0 ) {
if( needChecksum() ) { //这里会做checksum校验
sum.update(b, off, read);
verifySum(chunkPos);
}
chunkPos += read;
}
retry = false;
} catch (ChecksumException ce) {
...
if (retriesLeft == 0) { //本案例中,numOfRetries是1,也就是说不会多次尝试,失败了,直接抛出异常 throw ce;
} //如果读取的chunk校验失败,以当前的chunkpos为起始偏移量,尝试新的副本 if (seekToNewSource(chunkPos)) {
seek(chunkPos);
} else {
//找不到新的副本,抛出异常
throw ce;
}
}
} while (retry);
return read; }

readChunk方法由BlockReader实现,分析如下:

//只返回一个chunk的数据长度(默认512,最后一个chunk可能不足一个完整chunk的长度)protected synchronized int readChunk(long pos, byte[] buf, int offset,int len, byte[] checksumBuf) throws IOException {    
//读取一个 DATA_CHUNK.
long chunkOffset = lastChunkOffset;
if ( lastChunkLen > 0 ) {
chunkOffset += lastChunkLen;
}
//如果先前的packet已经读取完毕,就读下一个packet。
if (dataLeft <= 0) {
//读包的头部
int packetLen = in.readInt();
long offsetInBlock = in.readLong();
long seqno = in.readLong();
boolean lastPacketInBlock = in.readBoolean();
int dataLen = in.readInt(); //校验长度
lastSeqNo = seqno;
isLastPacket = lastPacketInBlock;
dataLeft = dataLen;
adjustChecksumBytes(dataLen);
if (dataLen > 0) {
IOUtils.readFully(in, checksumBytes.array(), 0,checksumBytes.limit()); //读取当前包的所有数据块内容对应的checksum,后面的流程会讲checksum和读取的chunk内容做校验
}
}
int chunkLen = Math.min(dataLeft, bytesPerChecksum); //确定此次读取的chunk长度,正常情况下是一个bytesPerChecksum(512字节),当文件最后不足一个bytesPerChecksum,读取剩余的内容。
if ( chunkLen > 0 ) {
IOUtils.readFully(in, buf, offset, chunkLen);//读取一个数据块的chunk checksumBytes.get(checksumBuf, 0, checksumSize);
}
dataLeft -= chunkLen;
lastChunkOffset = chunkOffset;
lastChunkLen = chunkLen;
...
if ( chunkLen == 0 ) {
return -1;
}
return chunkLen; }

总结 本文前面概要介绍了dfsclient读取文件的示例代码,顺序读取文件和随机读取文件的概要流程,最后还基于dfsclient和datanode读取块的过程,做了一个详细的分析。



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